一些父母担心他们被艾滋病病毒感染的婴儿可能会受到常规儿童免疫接种的不良影响。针对这一问题，WHO和UNICEF发布了下列指南。艾滋病病毒感染的儿童应当接受的免疫接种包括白喉、破伤风和百日咳（DTP法）；脊髓灰质炎（OPV或IPV法）；按照标准程序进行麻疹（麻疹疫苗）免疫接种。已知或怀疑感染艾滋病病毒的儿童对严重麻疹的危险性增加，并且这些儿童应当在6个月后尽可能早地给予额外剂量的麻疹疫苗，并在9个月时给予常规剂量的麻疹疫苗。
艾滋病病毒感染儿童的父母通常也是艾滋病病毒感染者，他们患结核的机率比一般人群要高。因此建议对无症状的艾滋病病毒感染儿童采用卡介苗免疫接种以尽早保护他们免于结核感染。有症状的艾滋病病毒感染儿童不能接种卡介苗或黄热病疫苗。
